Стараясь достичь равновесие между сохранением морских живых ресурсов Антарктики и их рациональным использованием, Комиссия является лидером среди других организаций в разработке экосистемного подхода к управлению такими ресурсами.

Она также занимает видное место в разработке подходов к управлению, включающих элемент предосторожности, чтобы учесть неопределенность в необходимых для управления знаниях.

Она также принимает меры по сохранению, направленные на сведение к минимуму возможного воздействия промысла на непромысловые виды.

В ходе управления каждым промыслом Комиссия следует регулятивной системе, посредством которой она обеспечивает выполнение ограничений на вылов и/или других мер.

Эта система также старается регистрировать потенциальное воздействие промысла на промысловые ресурсы и другие элементы экосистемы.

Контроль за выполнением мер по сохранению как правило входит в обязанности отдельных стран-членов, однако Комиссия посредством различных публикаций старается пропагандировать соблюдение мер по сохранению.

В последние годы серьезную озабоченность вызывает растущая распространенность ННН-промысла ценного патагонского клыкача (Dissostichus eleginoides), т.к. такой промысел подрывает природоохранные цели АНТКОМа.