Le Comité scientifique mène les activités dont la Commission le charge conformément aux objectifs de la Convention (Article XV et, plus particulièrement, Article XV.2).

C'est un organe de consultation et de coopération pour la collecte, l'étude et l'échange des informations que requiert la Commission pour l'exercice de ses fonctions.

Le Comité scientifique rend des avis à la Commission sur les niveaux d'exploitation et autres mesures de gestion élaborées en consultation et par l'application de techniques scientifiques de pointe.

Une "approche de précaution" a été établie pour tenir compte des risques qui pourraient découler des lacunes de la connaissance de la dynamique d'une ressource particulière lorsque l'insuffisance de données rend impossible toute évaluation de seuils d'exploitation durable ou d'autres mesures de conservation.

Pour plus d'efficacité, le Comité scientifique a établi deux groupes de travail dont les tâches sont bien spécifiques et qui lui fournissent des comptes rendus : le Groupe de travail sur le contrôle et la gestion de l'écosystème (WG-EMM) et le Groupe de travail chargé de l'évaluation des stocks de poissons (WG-FSA).

Ces deux groupes de travail se réunissent chaque année et rendent compte de leurs conclusions directement au Comité scientifique.