Штаб-квартира Комиссии находится в г. Хобарте, Тасмания, Австралия (Статья XIII). В соответствии с Соглашением о штаб-квартире между Комиссией и правительством Австралии, последнее, при поддержке правительства Тасмании, предоставляет помещение для размещения Секретариата Комиссии.

Секретариат, во главе с Исполнительным секретарем (Статья XVII), обеспечивает проведение ежегодных совещаний и выполняет текущие задачи, связанные с работой Комиссии и Научного комитета, включая:

• обеспечение обмена информацией с и между странами-членами;

• подготовку и распространение публикаций;

• получение научных данных и управление ими;

• централизованное руководство Системой документации уловов; и

• мониторинг соблюдения мер по сохранению и других решений Комиссии.

Секретариату выделяется одобряемый Комиссией ежегодный бюджет. Управление этим и другими фондами контролируется в соответствии с Финансовыми правилами (Статья XIX).

Условия работы сотрудников Секретариата оговорены в Положении о штате (Статья XVII). В Секретариат могут обращаться с вопросами как представители общественности АНТКОМа, так и другие граждане.

Письменные переводы

В то время, как рабочим языком Секретариата АНТКОМа является главным образом английский язык, все сообщения и публикации обычно выходят на всех четырех определенных Конвенцией официальных языках: английском, французском, русском и испанском (4 официальных языка Системы Договора об Антарктике).

 Переводы письменных материалов выполняются группами аккредитованных переводчиков, работающих в АНТКОМе на постоянной основе, что обеспечивает согласованность терминологии, стиля и стандартов при одновременной максимизации преимуществ практического характера.