El ejercicio de las funciones del Comité Científico está sujeto a las directivas de la Comisión para conseguir los objetivos de la Convención (artículo XV, y en particular el artículo XV.2).

El Comité Científico es un foro de consulta y cooperación en cuestiones referentes a la recopilación, estudio e intercambio de la información necesaria para que la Comisión ejerza sus funciones.

El Comité Científico proporciona asesoramiento a la Comisión con relación a los niveles de explotación y otras medidas de ordenación formuladas a través de consultas y de la aplicación de técnicas científicas de vanguardia.

Cuando no hay suficientes datos disponibles para la evaluación del nivel sostenible de explotación, se utiliza un ‘enfoque precautorio’ desarrollado para tener en cuenta los riesgos potenciales asociados a la falta de información sobre la dinámica de un recurso en particular.

Para realizar sus funciones de manera más eficaz, el Comité Científico ha establecido dos grupos de trabajo que le ayudan a formular asesoramiento científico en aspectos específicos de su trabajo: el grupo de trabajo para el seguimiento y ordenación del ecosistema (WG EMM), y el grupo de trabajo para la evaluación de las poblaciones de peces (WG-FSA).

Estos dos grupos de trabajo se reúnen anualmente e informan sus resultados directamente al Comité Científico.